Ohne genaue Auskunft, für welche Programmiersprache Du das brauchst, wird Dir eher keiner helfen können. Änder bitte mal die Tags und schreibe ein wenig mehr dazu. Ansonsten kann ich Dir nur sagen: Prüfe die Version auf dem Webserver, wenn neuer, runterladen, Messagebox für Benutzer, falls Update erwünscht per Update starten und dieses so lange warten lassen, bis Deine Anwendung beendet ist.
Edit: Interessant wäre ggf. auch der Updater Application Block, wobei ich hiermit keine Erfahrungen habe. Click-Once Deployment ist sehr einfach einzusetzen.