Ja du kannst hierfür (soch mach ich es) imagecopy verwenden. Die Transparenz selbst hängt von der Overlaygrafik ab. Sprich dem Logo zb. in Photoshop dem Bild die Transparenz hinzufügen und anschließend auf das Endbild drüberlegen.

Beispieldurchlauf:

$hauptbild  = imagecreatefromjpeg('haupbild.jpg');
$overlaybild  = imagecreatefrompng("overlaybild.png");

$endbild = imagecreatetruecolor(500, 500);

imagecopy($endbild, $hauptbild, .....);
imagecopy($endbild, $overlaybild, .....);

imagejpeg($endbild, null, 100);

So müsstest du es machen, ist jetzt nur so hingeschrieben, aber in den Ablauf.
Wie gesagt die Stärke der Transparenz wird vorher mit einen Bildbearbeitungsprogramm am Overlaybild selbst eingestellt, hier nicht durch php. So erhältst du die beste Qualität.