Wenn ich dich richtig verstehe, reicht ein genauerer Selector und entsprechende div-Attribute. Möchtest du ein anderes Plugin parallel laufen lassen, ist es erforderlich, diese während des Renderings im Browser zu ent- bzw. beladen - davon rate ich allerdings dringend ab.

jQm beginnt ab dem body-tag Klassen zu setzen und umfasst darin die Elemente mit einem eigenen DIV. (Und backt noch zwei eigene dazu) Eine Idee wäre es, im Nachhinein das DOM so zu manipulieren, dass die Klasse des Body eine Ebene tiefer verlegt wird und dann innerhalb des Body neue Elemente mit den nicht-mobile-Elementen anzulegen während es eine eigene mobile-Hierarchie gibt. Was ich nicht weiss - deswegen ist's keine Antwort - ist, wie jQm bzw. die Benutzbarkeit darauf reagiert. Alternativ lohnt sich auch ein Blick in die Stylesheets um die nicht-mobile-Elemente wie gewünscht anzupassen.

Wenn du nur die Radiobuttons anders darstellen willst, solltest du einfach per CSS entsprechende Eigenschaften überschreiben. Hast du einen Link oder ein Beispiel, wie die Radio-Buttons anders aussehen sollen?