Meine WP7-App (wobei es bei dieser Frage vermutlich egal ist, ob es eine mobile App ist) verwendet zur Datenhaltung mehrere XML-Dateien mit eigenem Schema. Bei Änderung von Daten werden diese diese direkt in die XML-Datei geschrieben.
Ich würde gerne in den Lese- und Schreibvorgang eingreifen und die XML-Datei direkt verschlüsseln, also ohne den Umweg erst eine unverschlüsselte Datei zu erzeugen und diese dann zu verschlüsseln. Aus nachvollziehbaren Gründen sollen sich zu keinem Zeitpunkt unverschlüsselte Daten auf dem Speichermedium befinden. Es werden im hiesigen Beispiel übrigens sehr oft unterschiedliche XML-Dateien gelesen und geschrieben, fast bei jeder Aktion, wobei die XML-Dateien jedoch nicht sehr groß sind.
Die Verschlüsselung soll möglichst "transparent" erfolgen, also ohne dass sich am bisherigen Arbeiten mit den XML-Dateien viel ändern muss, am besten natürlich gar nichts.
Mit der AesManaged-Klasse ist es möglich, Dateien im IsolatedStorage zu verschlüsseln. Siehe ausführliches Beispiel für Silverlight/XNA/Windows Phone 7.