An Deinem Beispiel fällt zunächst mal auf, dass die Erzeugung der Query und des MailMerge quasi "im leeren Raum" stattfinden - sie haben keinerlei aus dem Code ersichtliche Verbindung zu myDoc, weshalb es mich auch sehr wundern würde, wenn auf diese Weise irgendwas am Dokument verändert würde.

Vielleicht hilft Dir Creating a MailMerge in C# with the OpenXML SDK weiter. Inspiriert davon würde ich mal folgendes probieren (ungetestet, hab grad kein VS zur Hand):

public void GenerateDocument(string dateipfad, String key1, String key2)
{
    using (WordprocessingDocument wordDocument = WordprocessingDocument.Open(dateipfad, true))
    {
        var settingsPart = wordDocument.MainDocumentPart.GetPartsOfType<DocumentSettingsPart>().First();
  
        var mailMerge = settingsPart.Settings.GetFirstChild<MailMerge>();
        mailMerge.Query = new Query() { 
              Val = "SELECT * FROM \"Test\"  WHERE \"name\"="+key1+" And \"lastname\"="+key2
        };
    }
}

Ab der Zeile, wo in dem Artikel Settings.OfType<MailMerge>() aufgerufen wird, habe ich das Beispiel verändert, denn die OfType-Methode habe ich in der MSDN-Doku nicht gefunden.

Wahrscheinlich ist das noch keine funktionierende Lösung, aber ich hoffe, es hilft Dir zumindest weiter.