Wie immer kurz und knapp:

ResourceManager rm = ResourceManager.CreateFileBasedResourceManager(
  "data", System.AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory.ToString(), null);
Console.WriteLine(rm.GetString("MyString"));

Sollte die Datei: "data.resources" im aktuellen Programmverzeichnis öffnen.

msdn:system.resources.resourcemanager.createfilebasedresourcemanager
msdn:system.resources.resourcemanager - Member

Edit:

Alternativ kannst du auch ein Zip verwenden: SharpZipLib

using (var fs = new FileStream(sourcePath, FileMode.Open, FileAccess.Read)
using (var zf = new ZipFile(fs)) {
   var ze = zf.GetEntry(fileName);
   if (ze == null) {
      throw new ArgumentException(fileName, "not found in Zip");
   }

   using (var s = zf.GetInputStream(ze)) {
      // do something with ZipInputStream
   }
}
// Quelle: http://stackoverflow.com/questions/328343/using-sharpziplib-to-unzip-specific-files/328353#328353

Die Datei kannst du dann ja auch mit einem Passwort verschlüsseln.
Und eine Zip-Datei muss ja nicht ".zip" heißen. Als Beispiel kann man hier ".docx" und ".xlsx" nennen. Wenn man die Endung einmal in ".zip" ändert kann man diese öffnen und sich ein Rudel Ordner und XML-Dateien anschauen. Sehr schöne Vorlage vom Konzept her.

Edit: Zip-Archiv-Aufbau - basierenden auf dem Kommentar von 'spicejam'

Also ich würd in dem Zip-Archiv die einzelnen Dateien speichern.
Strings würd ich als XML-File abspeichern.
Mit den oben geschrieben Code kannst du eine einzelne Datei aus einem Zip-Archiv lesen. Im obrigen Code ist die Unterschützung für Unterordner noch nicht drin, läßt sich aber mit 1-2 Zeilen einbauen.

So könnte deine Zip-Datei aufgebaut sein:

/<zip-root>/
--/Sounds/
  --/BackgroundMusik/
    --/Musik1.mp3
    --/Musik2.mp3
    --/Musik3.mp3
  --/Spell/
    --/BaseAttack.mp3
    --/Fireball_1.mp3
    --/Fireball_2.mp3
    --/Frostball_1.mp3
--/Textures/
  --/Background/
    --/Water_1.png
    --/Water_2.png
    --/Earth_1.png
    --/Earth_2.png
  --/Creatures/
    --/Monster_1.png
    --/Monster_2.png
    --/Monster_3.png
    --/PlayerModel_1.png
    --/PlayerModel_2.png
--/Strings/
  --/de-DE/
    --/UI.xml
    --/Dialogs.xml
  --/en-EN/
    --/UI.xml
    --/Dialogs.xml