Ich habe mit Adobe Acrobat 9 Standard ein bearbeitbares PDF-Formular definiert. Dieses beinhaltet Texte mit Informationen, Textfelder für Eingaben sowie Kombinations- und Listenfelder für die Eingabe und/oder Auswahl vorgegebener Werte. Die Eingaben selbst können mit dem Acrobat Reader vorgenommen werden. Gibt es einen Weg, um diese Eingabeelemente über ein .NET-Programm an das PDF-Formular zu übergeben und wenn ja, wie muss ich diese Übergaben machen?

Wenn Du das Vollprodukt Adobe Acrobat, egal ob Standard oder Pro, installiert hast, dann gibt es auch ein COM Objekt, mit dem Du PDF Dokumente erzeugen und bearbeiten kannst. Dieses COM Objekt wird genauso eingebunden und benutzt, wie auch Office COM Objekte. Einfach mal schauen und probieren. Würde Dir ein Beispiel machen, aber ich sitze gerade nicht vor einem PC der die Vollversion von Acrobat installiert hat. Aber vielleicht hilft Dir dieser Link weiter.

Oder Adobe direkt.
Guide to SDK Samples (C# und VB.NET-Beispiele)

Acrobat Interapplication Communication Reference (OLE Automation: Objekte, Methoden, Eigenschaften)


Ansonsten gibt es eine ganze Reihe von Hilfsbibliotheken, die eine PDF Bearbeitung erleichtern.
Eine Liste davon findest Du hier.

Mir würden mehrere Wege auf anhieb einfallen:

FDF
Bei FDF handelt es sich um ein Format von Adobe welches erlaubt die Formularfelder eines PDF-Dokuments automatisch mit variablen Daten vorzubelegen. Das FDF kann dabei von einem Programm erzeugt werden und enthällt eine URL zum PDF-Dokument. Wenn du ein FDF-Dokument mit dem Adobe Reader öffnest wird dieser automatisch das PDF-Dokument abrufen , anzeigen und die Formularfelder mit den Informationen aus dem FDF vorbefüllen.

Pro:
+ einfach zu programmieren
+ flexibel

Contra:
- der im Web wird der Session-Context vom Adobe Reader nicht mit durchgereicht so das die PDF-Dokumente entweder statisch verfügbar sein müssen oder die URL muss die entsprechenden Session-ID's enthalten

Beispiel:

%FDF-1.2
%âãÏÓ
1 0 obj
<< 
/FDF << /Fields [ 
  << /V (##VALUE##)/T (#FELDNAME#)>> 
  << /V (##VALUE2##)/T (#FELDNAME2#)>> 
] 
/F (http://url.zum/PdfDokument.pdf)/ID [ <8a1b836d35acae42a8ac0e7662af4505><2a075df9b6d13b1eb4b3f8ec48bb6a50>
] >> 
>> 
endobj
trailer
<<
/Root 1 0 R 

>>
%%EOF

PdfSharp
Die .Net Libary pdfSharp bietet auch die Möglichkeit bestehende Dokumente zu laden und Formularfelder vorzublegen. Im anschluss speicherst du das modifizierte Dokument unter neuem namen ab und lieferst es aus, oder Streams es direkt.

Pro:
+ flexibler als FDF
+ du bist nicht auf Formularfelder beschränkt

Contra:
- mehr Aufwand als ein FDF zu erzeugen

iTextSharp
Ebenfalls eine .Net Libary (http://sourceforge.net/projects/itextsharp/). Siehe PdfSharp.