Entweder die Packages mit rein in die Versionskontrolle oder eine Möglichkeit die Packages in genau der benötigten Version auf "Knopfdruck" nachzuinstallieren.
Leider kann ich zu NeuGet nichts Genaues sagen, da mir die Erfahrung fehlt. Aber bei Ruby Gems (analog zu NuGet Packeten) und Rails-Applikationen wird z.B. eine Datei gepflegt, in der alle benötigten Gems inklusive der Versionsnummer hinterlegt sind. Anhand dieser Datei werden die benötigten Gems mit einem eizigen Befehl automatisch auf den Entwicklungsrechner gebeamt.
Wenn das mit NuGet ähnlich möglich ist, würde ich diesen Weg vorziehen. Zum einen bleibt das Source Code Repository klein und zum Anderen hat jeder Entwickler sehr schnell seine Maschine auf einen Stand gebracht, mit der er im Projekt entwickeln kann.