Ich hab zwar noch nie mit NetBeans gearbeitet, aber wenn ich mir Using Command Line Arguments in NetBeans IDE ansehe, dann sollte es unter Project Properties -> Run zwei Eingabefelder geben. In "Arguments" kommt rein, was an die main-Methode übergeben werden soll, und in "VM Options" die Parameter für den Java-Aufruf, also auch der -D-Schalter (übrigens nur mit einem '=', oder?).