Ich sehe aktuell folgende Vorteile:

• Der erste Aufrufer muss nicht ewig warten
  
• Compile Errors werden sofort angezeigt
  

Welche Nachteile habe ich? Was bevorzugt ihr?

Notwendig? Nein.
Allgemein kann man sagen, dass deine Fragestellung für alle Web-Projekte gilt.

Nachteile, wenn man es als solchen ansehen will:
Bei Änderungen im Code, nicht unbedingt im Markup, muss das gesamte Projekt neu kompiliert werden.

Vorteile zu deinen genannten:
Ich habe in der Regel nur eine dll, ausgenommen die Satelliten-Assemblies bei Verwendung von mehrsprachigen Ressourcen und Assemblies auf die verwiesen wird.

Ich bevorzuge klar ein kompiliertes Deployment.